邪惡天才科學家地獄博士（石冢運升 配音）企圖征服世界，人類因此而陷入滅亡危機，在駕駛魔神Z的兜甲兒（森久保祥太郎 配音）以及其他伙伴們的努力下，世界得以恢復和平。十年后，兜甲兒不再是超級機器人的駕駛員，而是成為了一名科學家。某日，他在富士山地底見到了被埋在山底的超巨大遺跡——INFINITY無限魔神，以及同時出現的神秘生命體“莉莎”（上坂堇 配音）。而在同一時刻，地獄博士突然神秘地復活了，他還打算利用INFINITY無限魔神所潛藏的無限可能性，完成他征服世界的野心……就在這千鈞一發之際，傳說中的駕駛員兜甲兒與魔神Z再次挺身而出拯救人類…