一心想成為幽靈獵人的天空寺尊于18歲生日時，收到來自十年前亡父生前所寄的幽靈眼魂（Ghost Eyecon）后，來自異世界的怪人——眼魔突如其來地出現在面前并盯上此物，甚至為救青梅竹馬月村明里和御成而身亡。得到仙人的幫助之下而獲得Ghost驅動器變身，成為假面騎士Ghost并得以九十九日短暫的生命復蘇。為收集實現復活愿望的「15位偉人」眼魂，投身于影響世界命運的戰斗中。