現為公安九課少校的草薙素子（坂本真綾 配音），按照課長荒卷大輔（塾一久 配音）的指示外出調查運輸機被神秘并機的事件。結果途中遭到巴特（松田健一郎 配音）率領的武裝分子的襲擊。與此同時，遍布全國的交