故事發生在位于東京都的音乃木坂學院中，經濟不景氣，人口老齡化等等的社會問題讓這所學校的招生成為了難題。找不到學生，學校只能關門大吉，就在這時，九名少女站了出來。這些對學校感情極深的少女們決定，要為了保護學校不被廢校而做出努力。